BINA_hs_RFdat_3more_Jun12_02 9-mers that were found 3 or more times in the proximal promoters of human genes, defined with respect to experimentally determined transcription start site. NOTE: the second column should be ignored. Citation: Bina M., Wyss P., Wenhui R., Szpankowski A., Thomas E., Randhawa R., Reddy S., John PM., Pares-Matos EI., Stein A., Xu H., and Lazarus SA. Exploring the characteristics of sequence elements in Proximal Promoters of Human Genes. Genomics 84, 929-940 (2004). RF_id 9-mer Frequency Gene (position) .. RF3f 1 GGGCGCCCC ! 3: HMG-14(-153) DBPA(-224) THOBOX(-209) RF3r 1 GGGGCGCCC ! 3: THOBOX(-209) HMG-14(-153) DBPA(-224) RF6f 1 GGGCACCCC ! 3: AMFR(-77) MNSOD(-130) TGFA(-155) RF6r 1 GGGGTGCCC ! 3: TGFA(-155) MNSOD(-130) AMFR(-77) RF34f 1 GGCGGCCCC ! 3: GATA-2(-192) MNSOD(-278) TGFB1(-124) RF34r 1 GGGGCCGCC ! 3: GATA-2(-192) TGFB1(-124) MNSOD(-278) RF57f 1 GGCCCGCCC ! 3: ANT-2(-156) RAF-1(-157) TOPOI(-87) RF57r 1 GGGCGGGCC ! 3: TOPOI(-87) RAF-1(-157) ANT-2(-156) RF58f 1 GGCCCCGCC ! 6: STROM3(-67) SYN2(-67) SYN2(-107) ATP1A3(-107) ANT-2(-73) CYCLINB1(-147) RF58r 1 GGCGGGGCC ! 6: SYN2(-67) ATP1A3(-107) SYN2(-107) ANT-2(-73) CYCLINB1(-147) STROM3(-67) RF82f 1 GGCACCCCC ! 3: ALD_RED(-112) MNSOD(-129) TGFA(-154) RF82r 1 GGGGGTGCC ! 3: ALD_RED(-112) TGFA(-154) MNSOD(-129) RF289f 1 GGTGGGGCC ! 4: IL6(-174) TGFB1(-89) SYN2(-263) TK(-209) RF289r 1 GGCCCCACC ! 4: TGFB1(-89) TK(-209) IL6(-174) SYN2(-263) RF311f 1 GGTGCTGCC ! 3: THOBOX(-157) TGFB1(-253) ID3(-286) RF311r 1 GGCAGCACC ! 3: TGFB1(-253) THOBOX(-157) ID3(-286) RF352f 1 GGTCCGGCC ! 3: YB-1(-197) CD73(-246) HLX1(-111) RF352r 1 GGCCGGACC ! 3: YB-1(-197) HLX1(-111) CD73(-246) RF520f 1 GCGGGCTCC ! 4: TGFB1(-223) TEF1(-252) DBPA(-257) TGFB1(-181) RF520r 1 GGAGCCCGC ! 4: DBPA(-257) TGFB1(-181) TGFB1(-223) TEF1(-252) RF534f 1 GCGGCCCGC ! 3: TOPOI(-85) PN1(-129) GATA-2(-146) RF534r 1 GCGGGCCGC ! 3: GATA-2(-146) PN1(-129) TOPOI(-85) RF542f 1 GCGGCTGCC ! 3: HLX1(-215) YB-1(-109) CYCLINB1(-88) RF542r 1 GGCAGCCGC ! 3: CYCLINB1(-88) YB-1(-109) HLX1(-215) RF588f 1 GCGCGAGCC ! 3: TEF1(-220) RAF-1(-91) TGFA(-273) RF588r 1 GGCTCGCGC ! 3: TGFA(-273) RAF-1(-91) TEF1(-220) RF598f 1 GCGCCGCCC ! 3: CYCLINB1(-262) ANT-2(-178) VLDLR(-70) RF598r 1 GGGCGGCGC ! 3: VLDLR(-70) CYCLINB1(-262) ANT-2(-178) RF802f 1 GCCGGGCGC ! 3: MT-II(-149) KAL(-109) PN1(-147) RF802r 1 GCGCCCGGC ! 3: MT-II(-149) PN1(-147) KAL(-109) RF822f 1 GCCGCGCGC ! 3: MNSOD(-261) MT-II(-135) GATA-2(-70) RF822r 1 GCGCGCGGC ! 3: GATA-2(-70) MT-II(-135) MNSOD(-261) RF829f 1 GCCGCCCCC ! 5: TGFB1(-80) CYP24(-229) PN1(-71) GATA-2(-150) TGFB1(-121) RF829r 1 GGGGGCGGC ! 5: TGFB1(-121) TGFB1(-80) CYP24(-229) GATA-2(-150) PN1(-71) RF888f 1 GCCCGCGGC ! 3: PN1(-126) ATP1A3(-101) MT-II(-176) RF888r 1 GCCGCGGGC ! 3: MT-II(-176) PN1(-126) ATP1A3(-101) RF889f 1 GCCCGCGCC ! 5: HMG-14(-85) TEF1(-170) ALD_RED(-204) TEF1(-249) TGFA(-227) RF889r 1 GGCGCGGGC ! 5: HMG-14(-85) ALD_RED(-204) TEF1(-170) TEF1(-249) TGFA(-227) RF891f 1 GCCCGCCCC ! 4: RAF-1(-158) TGFB1(-220) TK(-123) TOPOI(-88) RF891r 1 GGGGCGGGC ! 4: TK(-123) TOPOI(-88) TGFB1(-220) RAF-1(-158) RF905f 1 GCCCCGGCC ! 5: HLX1(-128) MT-II(-71) ANT-2(-78) CD73(-64) TK(-87) RF905r 1 GGCCGGGGC ! 5: MT-II(-71) TK(-87) HLX1(-128) CD73(-64) ANT-2(-78) RF907f 1 GCCCCGCCC ! 14: MNSOD(-97) MNSOD(-75) SYN2(-108) SYN2(-66) CNN1(-75) MT-II(-66) STROM3(-68) THOBOX(-179) TGFA(-240) ATP1A3(-108) TEF1(-284) TEF1(-279) TEF1(-289) CYCLINB1(-146) RF907r 1 GGGCGGGGC ! 14: CYCLINB1(-146) SYN2(-108) SYN2(-66) MT-II(-66) CNN1(-75) STROM3(-68) TEF1(-284) TEF1(-279) TEF1(-289) MNSOD(-97) ATP1A3(-108) MNSOD(-75) TGFA(-240) THOBOX(-179) RF910f 1 GCCCCCGGC ! 3: PN1(-80) TGFB1(-83) CYP24(-92) RF910r 1 GCCGGGGGC ! 3: TGFB1(-83) CYP24(-92) PN1(-80) RF911f 1 GCCCCCGCC ! 3: PN1(-74) SYN2(-83) ID3(-90) RF911r 1 GGCGGGGGC ! 3: ID3(-90) SYN2(-83) PN1(-74) RF915f 1 GCCCCCTCC ! 5: THOBOX(-174) SYN2(-166) MNSOD(-80) PTX3(-119) GATA-2(-171) RF915r 1 GGAGGGGGC ! 5: MNSOD(-80) SYN2(-166) GATA-2(-171) PTX3(-119) THOBOX(-174) RF918f 1 GCCCCACCC ! 4: IL6(-173) IL6(-188) TK(-208) TGFB1(-90) RF918r 1 GGGTGGGGC ! 4: TK(-208) TGFB1(-90) IL6(-173) IL6(-188) RF956f 1 GCCCTCCCC ! 4: TGFB1(-136) CX43(-77) KAL(-163) SYN2(-210) RF956r 1 GGGGAGGGC ! 4: SYN2(-210) TGFB1(-136) KAL(-163) CX43(-77) RF1083f 1 GCCTCGGCC ! 3: ID3(-79) MNSOD(-216) SSYN(-76) RF1083r 1 GGCCGAGGC ! 3: SSYN(-76) MNSOD(-216) ID3(-79) RF1156f 1 GCAGGGCCC ! 3: APOC4(-87) PAX6(-172) KAL(-116) RF1156r 1 GGGCCCTGC ! 3: APOC4(-87) PAX6(-172) KAL(-116) RF1189f 1 GCAGCCTCC ! 3: VLDLR(-177) MNSOD(-201) TOPOI(-211) RF1189r 1 GGAGGCTGC ! 3: TOPOI(-211) VLDLR(-177) MNSOD(-201) RF1193f 1 GCAGCACCC ! 3: ID3(-287) TGFB1(-252) THOBOX(-158) RF1193r 1 GGGTGCTGC ! 3: ID3(-287) TGFB1(-252) THOBOX(-158) RF1598f 1 GCTGCGGCC ! 4: HLX1(-151) TK(-116) SSYN(-98) PN1(-132) RF1598r 1 GGCCGCAGC ! 4: PN1(-132) HLX1(-151) SSYN(-98) TK(-116) RF1772f 1 GCTCTGGCC ! 3: RAF-1(-140) IL6(-179) TK(-275) RF1772r 1 GGCCAGAGC ! 3: IL6(-179) TK(-275) RAF-1(-140) RF2081f 1 GAGGCGGGC ! 4: TEF1(-99) ID3(-213) ID3(-75) HMG-14(-104) RF2081r 1 GCCCGCCTC ! 4: HMG-14(-104) ID3(-213) ID3(-75) TEF1(-99) RF2110f 1 GAGGCTAGC ! 3: IL6(-288) PCDHGC3(-286) MNSOD(-212) RF2110r 1 GCTAGCCTC ! 3: PCDHGC3(-286) MNSOD(-212) IL6(-288) RF2182f 1 GAGCGGCCC ! 3: CD73(-152) CD18(-96) SSYN(-140) RF2182r 1 GGGCCGCTC ! 3: CD18(-96) CD73(-152) SSYN(-140) RF2223f 1 GAGCCCCGC ! 3: TK(-224) TK(-270) MNSOD(-95) RF2223r 1 GCGGGGCTC ! 3: TK(-224) MNSOD(-95) TK(-270) RF2238f 1 GAGCCTGGC ! 3: TGFA(-263) CYCLINB1(-182) ADR_B3(-168) RF2238r 1 GCCAGGCTC ! 3: CYCLINB1(-182) TGFA(-263) ADR_B3(-168) RF2718f 1 GACGTCACC ! 3: TEF1(-67) TEF1(-119) CD73(-123) RF2718r 1 GGTGACGTC ! 3: TEF1(-67) TEF1(-119) CD73(-123) RF2805f 1 GACCCTGGC ! 3: STROM3(-219) PCK1(-122) IL8RA(-122) RF2805r 1 GCCAGGGTC ! 3: PCK1(-122) IL8RA(-122) STROM3(-219) RF3101f 1 GACTCCTCC ! 3: NRU1(-214) TOPOI(-184) ANT-2(-142) RF3101r 1 GGAGGAGTC ! 3: ANT-2(-142) TOPOI(-184) NRU1(-214) RF3201f 1 GAAGGGGGC ! 3: CD14(-124) YB-1(-214) HMG-14(-201) RF3201r 1 GCCCCCTTC ! 3: HMG-14(-201) YB-1(-214) CD14(-124) RF8225f 1 CGCGGGCCG ! 3: ATP1A3(-99) PN1(-128) GATA-2(-145) RF8225r 1 CGGCCCGCG ! 3: GATA-2(-145) ATP1A3(-99) PN1(-128) RF8250f 1 CGCCCCGCG ! 3: ALD_RED(-209) SYN2(-88) MT-II(-91) RF8250r 1 CGCGGGGCG ! 3: MT-II(-91) SYN2(-88) ALD_RED(-209) RF8705f 1 CCGGGGGCG ! 3: PN1(-79) RAF-1(-161) TGFB1(-82) RF8705r 1 CGCCCCCGG ! 3: PN1(-79) TGFB1(-82) RAF-1(-161) RF8794f 1 CCGCCCCGG ! 4: CD73(-66) MT-II(-69) ANT-2(-80) TEF1(-276) RF8794r 1 CCGGGGCGG ! 4: MT-II(-69) CD73(-66) TEF1(-276) ANT-2(-80) RF8795f 1 CCGCCCCCG ! 5: TGFB1(-120) TGFB1(-81) RAF-1(-160) PN1(-78) PN1(-72) RF8795r 1 CGGGGGCGG ! 5: TGFB1(-120) RAF-1(-160) TGFB1(-81) PN1(-78) PN1(-72) RF8803f 1 CCGCCTCCG ! 3: TOPOI(-292) ANT-2(-69) TOPOI(-138) RF8803r 1 CGGAGGCGG ! 3: ANT-2(-69) TOPOI(-138) TOPOI(-292) RF9018f 1 CCCGCCGGG ! 3: CD73(-215) PC1(-84) TGFA(-65) RF9018r 1 CCCGGCGGG ! 3: TGFA(-65) PC1(-84) CD73(-215) RF9021f 1 CCCGCCCCG ! 11: TEF1(-282) TEF1(-277) CD73(-67) SYN2(-110) SYN2(-86) MNSOD(-99) TGFB1(-109) MT-II(-68) TGFA(-143) ANT-2(-81) TEF1(-287) RF9021r 1 CGGGGCGGG ! 11: MNSOD(-99) TEF1(-282) CD73(-67) TEF1(-287) TEF1(-277) TGFB1(-109) MT-II(-68) SYN2(-86) ANT-2(-81) SYN2(-110) TGFA(-143) RF9023f 1 CCCGCCTCG ! 3: TK(-228) TK(-266) ID3(-76) RF9023r 1 CGAGGCGGG ! 3: TK(-228) ID3(-76) TK(-266) RF9082f 1 CCCCGCCGG ! 3: PC1(-85) CD73(-216) ID3(-92) RF9082r 1 CCGGCGGGG ! 3: PC1(-85) ID3(-92) CD73(-216) RF9283f 1 CCCTCCCCG ! 3: HLADMA(-68) SYN2(-209) STROM3(-135) RF9283r 1 CGGGGAGGG ! 3: STROM3(-135) HLADMA(-68) SYN2(-209) RF9348f 1 CCAGGGCCG ! 3: CD73(-155) SSYN(-137) ID3(-98) RF9348r 1 CGGCCCTGG ! 3: SSYN(-137) CD73(-155) ID3(-98) RF9768f 1 CCTGGCGGG ! 3: PN1(-199) THOBOX(-129) TK(-101) RF9768r 1 CCCGCCAGG ! 3: THOBOX(-129) PN1(-199) TK(-101) RF10415f 1 CAGCCCCGG ! 3: TEF1(-90) STROM3(-185) TK(-85) RF10415r 1 CCGGGGCTG ! 3: TEF1(-90) TK(-85) STROM3(-185) RF10510f 1 CAGAGGAGG ! 3: SYN2(-100) CYP24(-75) CD14(-75) RF10510r 1 CCTCCTCTG ! 3: CD14(-75) SYN2(-100) CYP24(-75) RF10834f 1 CACGCCCCG ! 4: MT-II(-89) HLX1(-125) RAF-1(-167) VLDLR(-260) RF10834r 1 CGGGGCGTG ! 4: RAF-1(-167) MT-II(-89) HLX1(-125) VLDLR(-260) RF12503f 1 CATACATGG ! 3: ARG1(-154) ARG1(-127) ARG1(-185) RF12503r 1 CCATGTATG ! 3: ARG1(-154) ARG1(-185) ARG1(-127) RF13011f 1 CTGCGCCCG ! 3: PIGA(-193) PN1(-224) KAL(-111) RF13011r 1 CGGGCGCAG ! 3: PIGA(-193) KAL(-111) PN1(-224) RF13061f 1 CTGCCCCCG ! 3: ID3(-88) MNSOD(-286) CP2(-89) RF13061r 1 CGGGGGCAG ! 3: MNSOD(-286) CP2(-89) ID3(-88) RF13149f 1 CTGCTGCTG ! 4: VLDLR(-200) IL4A(-285) VLDLR(-197) VLDLR(-203) RF13149r 1 CAGCAGCAG ! 4: VLDLR(-203) IL4A(-285) VLDLR(-200) VLDLR(-197) RF13905f 1 CTCCCTGGG ! 3: PCK1(-74) ADR_B3(-194) PCK1(-164) RF13905r 1 CCCAGGGAG ! 3: ADR_B3(-194) PCK1(-164) PCK1(-74) RF14317f 1 CTCTCCCCG ! 3: ID3(-207) PAX6(-86) PAX6(-161) RF14317r 1 CGGGGAGAG ! 3: PAX6(-161) PAX6(-86) ID3(-207) RF16418f 1 AGCGGCCCT ! 3: CD73(-153) FREAC-4(-240) SSYN(-139) RF16418r 1 AGGGCCGCT ! 3: CD73(-153) FREAC-4(-240) SSYN(-139) RF18117f 1 ACTCCATGT ! 3: ARG1(-151) ARG1(-130) ARG1(-188) RF18117r 1 ACATGGAGT ! 3: ARG1(-130) ARG1(-151) ARG1(-188) RF24580f 1 TGGCCGCCA ! 3: RAF-1(-190) TGFB1(-265) CD73(-101) RF24580r 1 TGGCGGCCA ! 3: TGFB1(-265) RAF-1(-190) CD73(-101) RF32747f 1 TTTTTAAAA ! 3: IL4A(-204) ARG1(-260) IL4A(-203) RF32747r 1 TTTTAAAAA ! 3: IL4A(-204) IL4A(-203) ARG1(-260) RF32773f 1 GGGGGGCGG ! 4: GATA-2(-151) HMG-14(-132) HMG-14(-143) STROM3(-71) RF32773r 1 CCGCCCCCC ! 4: HMG-14(-132) HMG-14(-143) GATA-2(-151) STROM3(-71) RF32785f 1 GGGGGCGGG ! 11: PN1(-77) MNSOD(-77) HMG-14(-131) RAF-1(-159) TK(-124) TGFB1(-219) HMG-14(-204) HMG-14(-142) TOPOI(-89) THOBOX(-177) STROM3(-70) RF32785r 1 CCCGCCCCC ! 11: HMG-14(-142) HMG-14(-204) TOPOI(-89) THOBOX(-177) TK(-124) RAF-1(-159) TGFB1(-219) PN1(-77) HMG-14(-131) MNSOD(-77) STROM3(-70) RF32793f 1 GGGGGCAGG ! 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3: PIGA(-88) ALD_RED(-206) TEF1(-168) RF32849f 1 GGGGCCGGG ! 3: TGFB1(-86) ANT-2(-76) KAL(-106) RF32849r 1 CCCGGCCCC ! 3: ANT-2(-76) TGFB1(-86) KAL(-106) RF32881f 1 GGGGCTGGG ! 4: PTX3(-123) MT-II(-238) TOPOI(-250) TGFB1(-150) RF32881r 1 CCCAGCCCC ! 4: MT-II(-238) TGFB1(-150) PTX3(-123) TOPOI(-250) RF32887f 1 GGGGCTCAG ! 3: LD78A(-146) TK(-222) HAL(-291) RF32887r 1 CTGAGCCCC ! 3: HAL(-291) LD78A(-146) TK(-222) RF32897f 1 GGGGAGGGG ! 4: MNSOD(-82) CYP24(-129) PTX3(-117) CNN1(-111) RF32897r 1 CCCCTCCCC ! 4: CNN1(-111) PTX3(-117) MNSOD(-82) CYP24(-129) RF32900f 1 GGGGAGGTG ! 3: CD14(-95) CNN1(-83) STROM3(-124) RF32900r 1 CACCTCCCC ! 3: CD14(-95) STROM3(-124) CNN1(-83) RF32905f 1 GGGGAGAGG ! 4: DBPA(-76) PAX6(-160) PAX6(-85) ID3(-208) RF32905r 1 CCTCTCCCC ! 4: PAX6(-160) ID3(-208) DBPA(-76) PAX6(-85) RF32961f 1 GGGGTGGGG ! 4: HMG-14(-159) CYP24(-224) ATP1A3(-187) TK(-207) RF32961r 1 CCCCACCCC ! 4: ATP1A3(-187) CYP24(-224) HMG-14(-159) TK(-207) RF33027f 1 GGGCGGGAG ! 3: TGFA(-141) HMG-14(-140) TGFB1(-111) RF33027r 1 CTCCCGCCC ! 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